Menghasilkan riset, inovasi, dan rekomendasi kebijakan berbasis sains untuk mendukung pengelolaan sumber daya kelautan dan perikanan yang berkelanjutan serta meningkatkan kesejahteraan masyarakat Papua.
Mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi pengelolaan kelautan serta perikanan secara berkelanjutan.
Menyediakan data ilmiah terpercaya sebagai dasar perencanaan dan penyusunan kebijakan pembangunan.
Mendukung penyusunan strategi dan kebijakan pembangunan kelautan serta perikanan di Papua.
Menjaga keberlanjutan terumbu karang, mangrove, lamun, dan ekosistem pesisir lainnya.
Meningkatkan kapasitas masyarakat melalui pendekatan berbasis kearifan lokal dan keberlanjutan.
Menjadi lembaga riset unggulan bidang kelautan dan perikanan di Papua dan Indonesia.
PS2KP Universitas Cenderawasih merupakan pusat studi yang berfokus pada riset, pendidikan, dan pengembangan sumber daya kelautan serta perikanan Papua berbasis sains, kearifan lokal, dan keberlanjutan.